２１世紀に入り、県職運動は、「行政システム改革大綱」による病院・福祉施設の民間移譲、現業職員の「ゼロ」攻撃との対峙となった。病院闘争は熾烈な攻防の結果、多良見病院が民間委譲となり、また現業職員の業務見直しでは「任用替え」含め一定認めざるを得なかった。しかも０５年に人事院・県人事委員会が５０年ぶりの地域給導入を含めた給与見直し制度を勧告。０６年２月の交渉の末、大幅な賃金水準の引き下げとなった。県下自治体は１３市１０町に統合され、今後道州制を展望しつつ、県政含め行政の枠組みの議論が進められる。県職の組織基盤の大きな変動が予想される。
【さよなら多良見病院】多良見病院外観
６月２４日金子知事が多良見病院職員と組合に頭を下げた会合。病院交渉をリードした作元書記長（左）と江口政策部長。
03年7月1日、諫早支部と大村支部が統合し、新しく「県央支部」としてスタート。写真・930人と県職で2番目の規模に。初代支部長に江川眞由美さん（大村病院）がなった。
米国のイラク攻撃を支持し、自衛隊をイラクに派遣する「イラク復興支援措置法」が成立。県職は、2月3日第1陣の自衛隊が派遣されるたびに、県庁玄関前で座り込み行動を実施し、抗議の意思をあらわした。
現業業務見直し交渉（05年7月～06年2月）。05年7月に現業「ゼロ」提案を受け、延べ13回にも及ぶ交渉の末、「必要な職種・人員を残す」ことを確認し、苦渋の判断ながら、「任用替え」含め一定受け入れた。
| 西暦 | 組合の動き | 県内・世の中の動き |
|---|---|---|
| 2000 | ７ 調整手当見直しで「長崎市は現行通り」で決着／長崎支部、原爆展10回目／ | ○ ２年連続の一時金削減勧告／３ 「年金関連法案」を強行採決／６ 衆院総選挙で民主党が大躍進／９ シドニー五輪／ |
| 2001 | ○ 初の南北首脳会談／２ 県「行政システム大綱」発表／３ 長崎保健看護学校が閉校／○ 県庁執務室内全面禁煙に／９ 米国で同時多発テロ／10 米国、アフガニスタン空爆／11 池島炭鉱が閉山／ | |
| 2002 | 11 県、「新しい病院運営計画」を提案／ ○ 大瀬戸支部が長崎支部へ統合し分会に移行／ ○ 県職員の出張交通費が実費支給へ／ |
○ 県職人事異動、２段階で内示／２ 金子知事再選／５ サッカーワールドカップ日韓共催／８ 人勧で初のマイナス勧告△2.03％／ |
| 2003 | ４ 萩原県議３選、陣内長崎市議２選果す／ ６ 多良見病院の「民間委譲止むなし」の苦渋の判断／ ７ 諌早支部と大村支部が統合、県央支部に／ |
○ 県債１兆円突破／３ 長崎バス、14年ぶりにスト決行／６ 有事立法成立／ |
| 2004 | ８「長崎消息」200号発刊／ | ３ 対馬市、壱岐市誕生／４ 病院局スタート／○ 「ながさき出島道路」開通、「長崎水辺の森公園」オープン／８ 五島市、新上五島町誕生／９ 県、「中長期財政見直し」発表／○ プロ野球「選手会」が史上初のストライキ／10 県人事委、給与据え置き勧告／ |
| 2005 | ３ 病院局労組を結成／ ６ 県職、現業労組連合、病院局労組で県職連合を結成／ ○ 職員公舎の貸付料50％引上げで合意／ ○ 現業職員「ゼロ」提案を白紙撤回させる／ |
３ 成人病センター多良見病院を閉鎖し、日本赤十字へ委譲／○ 県立美術館、長崎歴史文化博物館がオープン／○ 女神大橋開通／○ 人事院、県人事委が50年ぶりの給与制度見直し勧告／○ 衆院選で自民党圧勝／ |
| 2006 | ○ 金子知事を推せん／ ○ 現業業務見直し交渉で「任用替え」と一部民間委譲等を受け入れ／ ○ 給与制度見直しで合意／ |
２ 金子知事３選／ |